Наступний етап — формування тканин і органів — пов'язаний з подальшим диференціюванням клітин. В першу чергу, із ендодерми утворюється третій зародко¬вий листок — мезодерма, який вростає між екто- і енто¬дермою, розділяючи їх. Потім у зародків хребетних тва¬рин розпочинається формування нервової трубки і хорди. Нервова трубка утворюється на майбутньому спинному боці зародка шляхом вп'ячування ектодерми у вигляді жолобка. Він поглиблюється, верхні краї його змикаються і утворюється нервова трубка — зачаток центральної нервової системи. В цей же час під нервовою трубкою із ентодерми утворюється тяж клітин, який потім формує хорду. Подальше диференціювання приводить до форму¬вання із ентодерми епітелію кишок, травних залоз, а також легень. Із мезодерми утворюються кровоносна, видільна системи, скелет, м'язи. Із ектодерми крім нервової трубки утворюються органи чуття, покривний епітелій і похідні шкіри.
